Les associations de parents d’élèves ont joué un rôle prépondérant dans la controverse autour des ABCD de l’Egalité. Parmi elles, la Fédération des Conseils de Parents d’ Élèves (FCPE) et la Fédération des Parents d’Élèves de l’Enseignement Public (PEEP) font le pont entre le gouvernement et les parents. Au lendemain de la polémique, la FCPE a ainsi soutenu le projet, et affirmé dans un communiqué qu’un « projet pédagogique comme celui des ABCD développe l’esprit critique des enfants et peut permettre de lutter contre tous les stéréotypes : racistes, d’âge, de classe, etc. ». De son côté, la PEEP a tenté de mettre fin aux nombreuses rumeurs : « La PEEP veut rassurer tous les parents : la « théorie du genre » n’est pas enseignée dans les écoles. Elle dénonce cette grossière tentative de manipulation, qui fait un amalgame entre égalité fille-garçon et enseignement de la « théorie du genre ».
Cependant, toutes deux dénonçaient le manque de pédagogie de l’Etat vis-à-vis des parents. La PEEP appelait « l’Education nationale à plus de transparence et demand[ait], à tous les niveaux hiérarchiques de celle-ci, d’aller à la rencontre des parents d’élèves afin de leur présenter le programme « ABCD de l’égalité ». En outre, Philippe Garcia, président du conseil départemental des Bouches- du-Rhône de la FCPE, réclame une véritable formation des enseignants en amont et pointe du doigt les contradictions de ce programme et du nouveau plan d’égalité dont le principe est, selon lui, indispensable mais qui manquent cruellement de communication et de préparation.